Jones chuyển đến Hoa Kỳ vào năm 1980. Tại đây, ông giảng dạy tại Đại học California, Los Angeles (1980–1981) và Đại học Pennsylvania (1981–1985), trước khi được bổ nhiệm làm Giáo sư Toán học tại Đại học California, Berkeley.[4][5]

Công trình nghiên cứu của ông về đa thức nút, với việc khám phá ra cái mà ngày nay được gọi là đa thức Jones, là từ một hướng nghiên cứu bất ngờ với nguồn gốc từ lý thuyết đại số von Neumann, một lĩnh vực giải tích đã được phát triển nhiều bởi Alain Connes. Điều này dẫn đến lời giải của một số bài toán cổ điển của lý thuyết nút, làm tăng sự quan tâm đến ngành tôpô thấp chiều,[6] và sự phát triển của tôpô lượng tử.

Jones giảng dạy tại Đại học Vanderbilt với tư cách là Giáo sư toán học xuất sắc Stevenson từ năm 2011 cho đến khi ông qua đời.[7] Trong khi đó ông vẫn giữ chức Giáo sư Danh dự tại Đại học California, Berkeley, nơi ông đã làm việc trong khoa từ năm 1985 đến năm 2011[8] và là Giáo sư Cựu sinh viên Xuất sắc tại Đại học Auckland.[9]

Jones được phong làm phó chủ tịch danh dự suốt đời của International Guild of Knot Tyers vào năm 1992.

Huân chương Jones, do Hiệp hội Hoàng gia New Zealand tạo ra vào năm 2010, được đặt theo tên của ông.[10]